長崎県長崎市発祥のちゃんぽんは福建省の福建料理をベースとしている。明治時代中期、長崎市に現存する中華料理店「四海樓」の初代店主陳平順が、当時日本に訪れていた大勢の中国人（当時は清国人）留学生に、安くて栄養価の高い食事を食べさせる為に考案したとされる。一方異説もあり、明治初年には既に長崎人の本吉某が長崎市丸山で、支那饂飩をちゃんぽんの名で売り出していたともいう。
1907年（明治40年）に出版された『長崎縣紀要』には「チヤポン」の表記で濃厚な味ながら支那留学生や書生の好物で、すでに市内十数か所で提供されていたことが紹介されている。豚肉、ネギなどの野菜、蒲鉾など魚肉生産品、十数種の具材をラードで炒め、豚骨と鶏がらでとったスープで味を調える。そこにちゃんぽん用の麺を入れて煮立る（他の中華麺類との大きな違い）。公正競争規約施行規則別表では、長崎チャンポンは「長崎県内で製造され」また「唐あく」と呼ばれる長崎独特のかん水で製麺したものと規定する。そのため長崎のちゃんぽん麺は他県で製造されたものと成分が異なり、独特の風味がある。
長崎ちゃんぽんのルーツ福建省の省都福州市に属す福清市には、「燜麺」（メンミエン）と呼ばれる材料、味、見かけ、作り方が似る麺料理があり、現在も広く食べられている。福州語では「燜八」（モウンマイッ）といい、先に鍋で具を炒めてから、スープと麺を加えて煮る。
長崎ちゃんぽんは全国的に知られたご当地料理であり、太い麺と具材の多さが特徴であり、麺は切刃番手16番のが使われる傾向にある。 長崎ちゃんぽんに影響されたと思われる麺料理が日本全国に存在する。特に九州各地のご当地ちゃんぽんはスープや具材など長崎ちゃんぽんの特徴を強く引き継いでいる。さらに九州各地の濃厚な豚骨ラーメンも、長崎ちゃんぽんの影響を大なり小なり受けている。長崎ちゃんぽんが全国的に知られるようになったのには、全国チェーンとなったリンガーハットの影響も大きい。 ちゃんぽんの具が袋詰めされて売られていることもあり、家庭でも手軽に作れるようになっている。ちゃんぽん用の麺が焼きそばに使われることもある。
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